На ваш вопрос сложно ответить однозначно, все заисит от обстоятельств. Если основанием для выплаты компенсации является отсутствие регистрации, то, значит, вы не вправе получать такую компенсацию. Формально считается, что регистрация подтверждает факт проживания в соответствующем жилом помещении, значит, если у вас есть где жить, компенсация вам не положена, но могут быть нюансы. Если признают, что выплаты вам произведены неправомерно, то будут вычитать из з/п, но, если у вас есть такое желание, можете внести деньги в кассу разом.